กองแผนงาน เป็นหน่วยงานในสังกัดสำนักงานอธิการบดี จัดตั้งขึ้น เมื่อวันที่ 16 พฤศจิกายน พ.ศ. 2519 ตามประกาศสำนักนายกรัฐมนตรี เรื่องการแบ่งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ (ฉบับที่ 3) พ.ศ. 2519 ให้มีการแบ่งส่วนราชการของสำนักงานอธิการบดีเป็น 7 กอง ได้แก่ กองกลาง กองการเจ้าหน้าที่ กองคลัง กองกิจการนิสิต กองบริการการศึกษา กองยานพาหนะอาคารและสถานที่ และกองแผนงาน
                 ต่อมาได้เริ่มบรรจุข้าราชการประจำเข้าสังกัดกองแผนงานเมื่อวันที่ 4 มกราคม 2521 มหาวิทยาลัยได้แต่งตั้งผู้ช่วยศาสตราจารย์ ธีระ สูตะบุตร ให้ดำรงตำแหน่งหัวหน้ากองแผนงานคนแรก และมีการแต่งตั้งผู้ช่วยหัวหน้ากองแผนงาน